水果還含有大量具有生物活性，
且有益於健康的非營養素類物質，
如有機酸、酚酸類物質、芳香物質等，
具有開胃、促進消化、促進多種礦物質的吸收，
抗菌、抗炎、消除自由基抑制血小板凝聚等多方面生理作用。
同時有機酸對維生素C的穩定性有保護作用。

水果含有豐富的膳食纖維，
這種膳食纖維在腸道不易被消化吸收，
能促進腸道蠕動。
有利於通便。
尤其水果含較多的果膠，
這種可溶性膳食纖維有降低膽固醇作用，
利於預防動脈粥樣硬化。
果膠還能與腸道中的有害物質如鉛相結合，
促其排出體外。

有許多水果如蘋果、櫻桃、杏、柑橘類水果，
葡萄、石榴含有豐富的維生素P（生物類黃酮），
維生素P是天然抗氧化劑，
能維持微血管的正常功能，
保護維生素C、維生素A，維生素E、微量元素硒等不被氧化。
如蘋果中酚類物質是強抗氧化劑，
可能具有防癌保健作用。
水果中還含有許多礦物質如鉀有保護心肌、降低血壓的作用，
鎂有降血脂、預防動脈粥樣硬化的作用。

蔬菜、水果具有相似營養素組成，
但是營養素總體含量和總的抗氧化能力方面水果不如蔬菜，
如果攝取等量的營養素，
蔬菜比水果更經濟。
而水果又含有許多蔬菜所不含有或含量少的其它生物活性成分，
所以兩類食物各有特點，
不能互相取代。